Lemmings está dividido en un número de niveles. Cada nivel puede tener una o más salidas y una o más entradas, y consiste en controlar a unas unidades conduciéndolas a través de diversos obstáculos (barrancos, paredes, montañas, etc.) y con el objetivo de llegar a una posición final. Estas unidades están capacitadas para realizar una serie de acciones, entre las que se cuentan la de construir escaleras, bloquear el paso a otros lemmings, lanzarse en paracaídas, etc.

Para completar con éxito cada nivel es necesario salvar a un número determinado de lemmings, para ello el jugador dispone un número limitado de habilidades a utilizar. Hay ocho habilidades que pueden ser utilizadas. Los "escaladores" pueden subir por paredes verticales, los "paracaidistas" sobreviven a caídas desde gran altura. Existen tres habilidades que permiten al lemming crear un túnel de forma lateral, vertical o diagonal, pero siempre en terrenos que lo permitan. Los “constructores” crean escaleras de 12 escalones por lo que cuando finalizan las mismas es necesario volver a darles la habilidad si todavía no han llegado a su objetivo. Los “bloqueadores” impiden el paso del resto de los lemmings. Por último existe la posibilidad de asignar la habilidad de convertirse en bomba de forma que pueda destruirse alguna zona.